横断面研究的缺点是难于根据从某一时间断面获取的数据确定变量之间的因果关系。这种设计也不利于进行罕见疾病的研究,特别是当提供数据的研究人群来自于普通人群的时候。例如,在45~59岁男性普通人群开展胃癌的横断面研究,大约从10000名被试者才能发现1例患者。如果样本来自于患者群而非普通人群,横断面研究还是可以开展的。相对于患者和健康人群之间的直接对比,这种类型的病案系列更加适于描述疾病的特征。例如,与注射吸毒的艾滋病患者相比,同性恋的艾滋病患者患卡伯肉瘤的风险更高。例如,抑郁症的患病率不仅仅受发病率的影响,自杀率和药物治疗的有效率也会发挥作用。
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