致病性真菌包括组织胞浆菌、球孢子菌、类球孢子菌、皮炎芽生菌、着色真菌、足分支菌、孢子丝菌等。在真菌感染中,念珠菌、曲霉菌最常见,特别是曲霉菌症随着粒细胞减少时间的延长而增加。隐球菌、荚膜组织胞浆菌感染在T细胞免疫高度缺乏的患者中发生。念珠菌通常以胃肠道或咽喉正常菌群的组成部分出现,患者免疫功能低下时,念珠菌在消化道过多繁殖,损伤黏膜屏障,引起肠炎并可导致败血症,引起播散性念珠菌感染。隐球菌多侵犯脑膜引起脑膜炎和脑炎。