临床上应视病种、病情选择不同的剂量和治疗时间。肾病综合征:主要用于耐肾上腺皮质激素类药物,频繁复发或合并糖尿病的病例。系统性红斑狼疮:适用于重症患者经常规肾上腺皮质激素治疗3~6个月未见缓解,产生耐受性病例。器官移植排异反应:常用量为50~75mg/d,一般在三个月内将药物减至最小维持量。小剂量环磷酰胺具有免疫增强作用,小剂量能降低Ts细胞的活力,从而在体内通过TH/Ts的平衡恢复而得以提高已削弱的T细胞功能。临床上用于癌症患者作为生物反应调节剂辅助治疗。