合理设计一些容量小的、针对特定靶标的化合物库(称为集中库,focused Library),是组合库设计的热点。当通过X射线衍射或核磁共振(nuclear magnetic resonance,NMR)等手段确定靶标分子的三维结构后,人们就能采用不同的策略,来进行组合库的设计。针对包含成千上万个化合物组合库,采用基于碎片或基于反应的手段,这些软件中的绝大部分都能产生其成员的二维或三维结构。结果表明,化合物11与受体模型的结合与实际测定结果极为相似,小分子的构象预测很准确,只是在对接时将受体定为刚性的,因此预测结果和实测结果尚有一定差别。
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