一、实验方法及操作步骤

AutoDock是由美国Scripps研究院（The Scripps Research Institute，TSRI）开发的一款免费的分子对接软件，其4.0版本遵循GNU通用公共许可证（GPL）协议。作为经典的分子对接程序组件，AutoDock有着对接结果准确，速度较快的优点，其引用次数居于同类软件前列。AutoDock的具体应用包括X‐射线晶体学研究、基于结构的药物设计、先导物优化、虚拟筛选、组合化学库设计、蛋白‐蛋白对接以及化学动力学研究。本书主要从实验方法学的角度介绍该软件基本的分子对接方法，感兴趣的读者可参考本部分最后的进一步阅读建议，从而更加深入地掌握AutoDock。7）结束本段实验：关闭SYBYL，点击菜单File ＞ Exit SYBYL。