框架残基通常不与抗原形成键,但这些残基对V区形成折叠和维持结合位点的完整性是必需的。抗原结合抗体涉及到抗原和结合位点之间形成多个非共价键,如果单独考虑,吸引力(如氢键、静电、Van der Waals和疏水力)的强度比共价键弱,但是,如果把大量的相互作用力综合起来,会产生一个强大的结合能(图8‐。当需要制备抗体进行免疫检测时特异性也可能产生问题,通常合成短肽抗原(一级结构)比纯化足量的天然抗原用于免疫获得抗体容易。但是,合成多肽制备的抗体,经常不能很好地和预计的天然抗原结合。