4﹒2﹒1﹒1分子力学和分子动力学模拟

考察配体小分子与生物靶标的相互“契合”情况是基于结构的药物设计一个非常重要的研究内容，这需要分析分子内和分子间的各种作用力。计算机分子图形学研究的重要内容是研究构象和分子力学算得的能量之间的关系。这些计算需要通过设定不同结构特征的参数来完成，一些参数说明平衡状态时这些结构的键长、键角、扭角以及变形能和旋转能，另一些参数则说明非键相互作用如范德华力和电性作用力。由于大分子的复杂性，通常用分子力学计算不能直接得到整个分子的最低能量构象，但可以得到很多局部最低能量构象中的一种。而分子动力学可通过经典分子运动平衡来模拟整个过程，这一方法比用静止的分子力学方法更能提供合理的生物模拟系统。