病毒性肠炎主要病原为轮状病毒(rotavir us),其次有星状和杯状病毒、肠道病毒(包括柯萨奇病毒、埃可病毒、肠道腺病毒)、诺沃克病毒、冠状病毒等。消化道外感染有时亦可产生腹泻症状,常见于中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、肾盂肾炎、皮肤感染或急性传染病等,可由于发热及感染原释放的毒素作用而并发腹泻。滥用抗生素也可引起腹泻,长期、大量地使用广谱抗生素可引起肠道菌群紊乱,耐药性金黄色葡萄球菌、变形杆菌、绿脓杆菌、难辨梭状芽胞杆菌或白色念珠菌等可大量繁殖,引起药物较难控制的肠炎,有学者称之为抗生素相关性腹泻(A AD)。天气过热消化液分泌减少或由于口渴饮奶过多等都可能诱发消化功能紊乱致腹泻。
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