线粒体与凋亡关系密切。健康细胞中线粒体的存活和凋亡因子之间存在着平衡,当遭遇凋亡刺激时,线粒体将凋亡因子释放到胞浆,其中Caspase的主要作用是放大Caspase级联反应,AIF转移到核并浓集,是核拆装所必需的。在细胞凋亡过程中,线粒体外膜通透性增加,凋亡因子通过线粒体通透转运孔(permeability transition pore,PTP)释放到胞浆,转运小孔在Bcl‐2家族成员Bax控制下开放。由于Endo G引起细胞凋亡不依赖于Caspase,所以线粒体损伤导致膜间隙蛋白质释放,可产生Caspase依赖性和非依赖性两种细胞死亡方式。
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