目前主要采用Houghten的逐位或二元定位方法和化学库编码方法进行。组合化学技术于不同传统的药物研究方法,有人认为组合化学技术是一种随机筛选方法而不是合理药物设计,事实上无论是已用于筛选的各类化合物库和正在设计的库都对某一或某些生物靶点有所侧重,组合化学技术着重考虑的是分子多样性和整个分子群体而不是单个分子。对生物靶点的作用有人形象比喻合理药物设计和组合化学技术形同捕鱼时鱼叉和鱼网的作用。但无需置疑组合化学技术对药物的研究开发将产生深远的影响,并标志着一个时代的到来,药物化学家现在所面临问题已完全不同于过去,而组合化学及其相关技术的发展必将为药物化学学科新观点,新思路的形成提供新的动力。
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