在次级代谢产物中,存在有200多种非蛋白质氨基酸,如D‐氨基酸,N‐和β‐甲基氨基酸、β‐氨基酸、亚氨基酸以及“前体”氨基酸,如鸟氨酸和α‐氨基己二酸等,这些统称为不常见氨基酸。这些非蛋白质氨基酸在次级代谢产物中的比例占到一半以上,不常见氨基酸可以通过正常的氨基酸异构或修饰而得,也可以通过葡萄糖的初级代谢产物合成。其中新生霉糖部分来自于葡萄糖,香豆素部分是由酪氨酸衍生,异戊烯部分来自于甲羟戊酸,而对羟基苯甲酸部分是由莽草酸衍生而来,几个组分形成后装配在一起得到具有生理活性的新生霉素。