依据配体与受体作用的“锁‐钥原理”(lock and key principle),模拟小分子配体与受体生物大分子的相互作用。配体与受体相互作用是分子识别的过程,主要包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等。20世纪80年代,Kuntz等人建立了分子对接(docking)方法— — —一种模拟小分子与生物大分子结合三维结构及其结合强度的计算方法,并开发了第一个分子对接程序DOCK。基于受体柔性的CDOCKER和FlexibleDock等受体柔性分子对接程序,适用于研究配体‐受体的Induce‐fit以及相关的功能机制研究。
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