基因工程中的另一个重要工具是基因载体。依据载体的来源主要分为两大类:质粒载体和病毒或噬菌体载体。克隆载体主要用于特定基因的体外重组、体内扩增等。文库载体主要用于基因文库、c DNA文库、随机肽文库、蛋白质文库、抗体或全合成抗体文库等的构建和展示文库中的肽链。表达载体则主要用于帮助外源目的基因在宿主细胞或生物体中表达,即目的基因的转录、翻译以及可能的翻译后加工。上述三种基因载体的分类,并不是绝对的独立与分隔,而是相互补充、相互取舍、取长补短的多种体现。