蛋白质序列数据库中的数据较DNA序列库要少得多,但提供的信息更为完备,且蛋白质进化的保守程度比DNA高。BLAST(basic local alienment search tool)是一种可以判断短序列与数据库间同源性的高效统计分析工具,但它只能比较那些连续性的序列,包括BLASTP(氨基酸序列与蛋白质数据库比较)、BLASTN(核酸序列与核苷酸数据库比较)等。