6.3.1 基于受体结构的方法

这类方法需要有实验得到的靶标三维结构，并根据受体-配体结合的空间大小和形状，用结合位点映射（binding site mapping）对结合位点的作相似性分析，或用反向分子对接（inverse molecular docking）的方法。另一种方法称作SMAP，是将物化性质与形状描述符相结合参数，以定义配体结合腔的整体或局部的几何形状，然后用序列等级独立的叠合算法（SOIPPA）进行叠合和比较，根据结合形状和物化性质的综合打分，确定结合部位的相似性，并进行显著性检验。由于与去水合中心发生疏水包裹作用，提高了选择性作用［ 21 ］。