HBV是一种DNA病毒,属嗜肝DNA病毒科(hepadnavividae),为直径42nm的球形颗粒,故又名Dane颗粒,有外壳和核心两部分。有表面抗原(HBsAg),部分双链、部分单链的环状DNA,DNA聚合酶,核心抗原及e抗原。长链(负链)的长度固定,有一缺口(nick),此处为DNA聚合酶。短链(正链)的长度不定。当HVB复制时,内源性DNA聚合酶修补短链,使之成为完整的双链结构,然后进行转录。HBV DNA的短链不含开放读框,因此不能编码蛋白。