三、构建系统树的软件

根据蛋白质的序列或结构差异可以构建系统发育分枝图（进化树）。这种系统树含有不同的分支层次或拓扑图形，它是产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点的一种反映，树枝的长度反映歧异发生时的蛋白质与现在蛋白质的进化距离。构建系统树的方法有三种：距离法、最大简约法和最大似然法。这里只列出构建系统树的一些软件，希望可以给予从事系统发育研究的科学工作者一些帮助。PHYLIP是一个包含了大约30个程序的软件包，这些程序基本囊括了系统发育分析的各个方面。它是目前最广泛使用的系统发育分析软件。PAUP是一个简单的、带有菜单界面的、与平台无关的、拥有多种功能的系统发育分析的商业软件，是GCG软件包的一部分。