质粒编码蛋白在细胞内的定位也能够影响DNA疫苗免疫反应的幅度和类型。有研究报道,分泌型免疫原比膜结合型免疫原或胞浆内免疫原更为有效。因而,分泌型免疫原会更有效活化B细胞,膜结合型免疫原需抗原合成细胞的破裂释放,因而,抗体反应要缓慢的多。但是,有学者在比较了分泌型与膜结合型免疫原诱导DNA免疫应答的效果之后认为,外源蛋白表达后在细胞中的位置及是否与细胞膜结合,对其诱发的抗体应答无显著影响,而在活病毒攻击时,分泌型免疫原诱生的保护作用强于膜结合型免疫原。