二、多序列比对程序

生物学家在研究工作中经常需要把两条以上可能有系统进化关系的序列进行对比，将所有序列都排列在一起，希望在同一位点发现相关，从而可以发现蛋白质的保守区域，进而推测蛋白质功能，也可以发现在进化上的特点等诸多信息。这种比对方法就是多序列比对。现在多序列比对程序的开发是一个非常活跃的领域，都基于渐进比对的概念，在序列两两比对的基础上逐步优化多序列比对的结果。多序列比对程序很多，简要介绍一下几个常用的程序。它是一种渐进的比对方法，先将多个序列进行两两比对获得一个反映每对序列关系的距离矩阵。接着从极相近的序列开始进行双重比对，逐步引入临近的序列并不断重新进行比对，直到所有的序列被加入为止。