低分子肝素分子量低于6000~10000,而普通肝素的分子量约3000~150000,平均16000。而普通肝素其抗凝作用主要是与抗凝血酶Ⅲ结合,加速抗凝血酶Ⅲ对凝血因子的灭活作用,使凝血酶(因子Ⅱ a)、因子Ⅹ a灭活,并抑制因子Ⅸ a、Ⅺ a、Ⅻ a和Ⅷ a的活性。低分子肝素使抗血栓作用与出血作用分离,保持了肝素的抗血栓作用,而出血的危险率低于普通肝素。不良反应同肝素,用量过度仍可导致自发性出血。