70~80年代随着等离子体解吸,快原子轰击等电离技术的出现,使质谱技术应用在蛋白质和多肽的序列测定上成为现实。80年代末,ESI和MALDI得到了发展,解决了极性大、热不稳定蛋白和多肽的离子化、分子质量测定等问题,并成为蛋白质组研究中检测和结构分析的热点技术。在ESI‐MS和MALDI‐MS出现以前,序列测定是很复杂的过程,需要HPLC条件的优化,分离所有酶解碎片,通过氨基酸分析、肽序列分析来分析所有碎片,这需要很长时间。但是因为酶解是个动态的过程,各个氨基酸酶解的速度不一样,并且受相邻氨基酸的影响,因此这一方法的通用性不强。
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