[文献资料]第四节 蛋白质二级结构预测

一般认为，蛋白质折叠的主要动力是氨基酸残基的疏水作用。它导致多肽链在折叠过程中尽可能地使多数疏水基团躲开与溶剂水接触。同时，为维持系统能量的平衡，要求在折叠状态中，多肽主链基团之间形成氢键。这使得蛋白质产生一个由氢键维系的有规则的重复构象。因为主链肽键上的羰基和酰氨基是沿多肽主链有规则的排列的，因此在最适状态时将在多肽链内部或多肽链之间出现周期性的氢键相互作用，从而形成蛋白质的二级结构。在蛋白质二级结构预测中，一般将上述8类归纳成3类H（螺旋）、E（β片段）、C（无规卷曲）。这里我们重点介绍Chou‐Fasman，人工神经网络法及PSIPRED方法。