又称为局部修饰,先导物的优化更多的是对原型化合物作局部修饰或变换,通过取代基的变化,结构的扩展,链的伸展和收缩,扩环和缩环,环的变化,结构固定以及生物电子等排替换以增加药物与受体结合形成复合物的能力,通过对分子的微调达到优化活性的目的。但需强调的是化合物的生物活性不仅只依赖于药物与受体的相互作用,也依赖于化合物的物理特征如碱性、亲脂性、电性以及分子的大小,实际上在结构改变过程中很难做到只对物理特征或生物活性一方起作用而对另一方无影响的。例如巴比妥类药、抗代谢物、抗肿瘤药、抗精神病药中都有比较成功的例子。
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