双杂交系统的主要限制之一是诱饵蛋白(传统上与DBD融合)不应自活化转录。在最初的工作中,大量提取的克隆是自活化的DBD融合物,这一问题的解决是通过预筛选来完成的。相互作用一旦发生,138恢复了TFⅢC因子的余下成分,使聚合物Ⅲ能够转录酵母必需基因SNR6。聚合酶Ⅲ尚无已知的转录活化因子,并且聚合酶Ⅱ反式活化子不能调节酵母中聚合酶Ⅲ介导的转录。事实上,正如指出的那样,强的转录活化子如GAL4或与GAL4 DBD融合的VP16不能活化UAS(G)‐SNR6基因的转录。