目的序列与载体DNA正确连接的效率、重组导入细胞的效率都不是百分之百的,因而最后生长繁殖出来的细胞并不同都带有目的序列。最后培养出来的细胞群中只有一部分,甚至只有很小一部分是含有目的序列的重组体(recombinant)。将目的重组体筛选出来就等于获得了目的序列的克隆,所以筛选(screening)是基因克隆的重要步骤。对小量制备的质粒DNA进行限制酶切的分析.核酸序列测定的原理和方法在实验教材中有详细的叙述,此处不再赘述。