TRANSFAC(真核生物基因表达调控因子数据库)是原核顺式调节元件及反式因子数据库,包括转录因子、转录因子在基因组上的结合位点及与DNA结合概要信息。S/MARt DB库收集了骨架/底物结合区域和与核酸底物相互作用的核酸底物蛋白的信息。PATHODB库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点。