QSAR的数学模型与方法仍在发展中。在用结构参数与生物活性建立相关性方程时,基本上都是采用因变量剩余平方和取极小值的方法(最小二乘),亦即因变量在P维向量空间的正交投影,从而求得方程中各项系数,并加以统计检验。因此,选择和确定首批化合物的类型和数量就显得十分重要,在考虑合成难易和费用高低基础上,可先试用聚类分析(Cluster Analysis)、Topliss合成树、Fibonacci分数法等优化方法,从合成的首批最小数量的化合物中,获得活性受结构因素制约的最大信息。