双杂交系统进一步的、被认为是更有效的应用是研究蛋白质‐RNA或蛋白质‐药物间的相互作用。这些方法中,一种标准化的“钓钩”被用于将RNA或药物展示给前来的猎物,并形成一种通向报告基因的非蛋白质桥。在一个鉴定与RNA相互作用分子的例子中,DNA结合域与MS2噬菌体的外壳蛋白融合,已知这一外壳蛋白可结合一种通用的RNA茎环结构(stem‐loop)。猎物是由与活化域融合的铁调节蛋白构成的,当它结合到IRE序列时,能够有效地活化诱饵响应的报告基因的表达。为检测蛋白质和化学配体的相互作用,构建的钓钩是DNA结合域和糖皮质激素受体激素结合域的融合物。为生成诱饵,将地塞米松(糖皮质激素受体的配体)结合到感兴趣的化合物FK506上。
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