三维位置专一性得分矩阵(3D‐PSSM)法由英国帝国癌症研究基金Sternberg于2000年创立。其基本思想和算法如下。4 ﹒应用PSIBLAST法构建其3D‐PSSM即3维位置专一化得分矩阵(position spe cific score matrix)。在上述得分矩的基础上,应用动态规划法将待预测的蛋白质与模板库的蛋白质进行比对,最终得到相应的预测模型。对每个结构库中的母蛋白,从中提取四类信息:①每个残基溶剂可及性。对待预测蛋白质,两类信息获得,一类是用PSI‐Blast获得的一维谱。另一类是应用PSI‐Pred预测得到的二级结构信息。
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