TPMT基因总长为3 ﹒ 4kb,编码序列总长2.7kb,开放阅读框架含735个碱基。在使用6‐MP时,TPMT的低活性将导致形成高浓度的TGNs,引起明显的造血组织细胞毒性,产生严重后果,甚至引起死亡。TPMT * 2突变等位基因是开放阅读框单个核苷酸转换造成的(G238C),导致在密码子90上有氨基酸发生了替换(Ala > Pro)。突变TPMT等位基因的方式和频率在不同种族人群中是不同的,例如,亚洲西南部(印度、巴基斯坦)有一个低频率的突变TPMT等位基因,而且所有突变等位基因迄今为止被鉴定为TPMT * 3A,这与东非、西非人群相反。东非、西非人群突变等位基因的频率与高加索人相似,但在非洲人群中的所有突变等位基因都是TPMT * 3C。
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