II类基因起着免疫反应中至关重要的作用。可利用同胞配对(Sib‐pair)或群体研究来观察某一单倍型(hyplotype)或基因频率在患病和未患病同胞对之间的比值(率),或患者和正常群体之间的比值。患病同胞配对(affected sibpair analysis)是直接分析复杂疾病中主要基因连锁的方法。定位克隆是定位,建立表型(疾病)与基因组中的某一部位(区域)的关联,以“邻近克隆群”筛选可表达的结构基因(建立该区域的转录图),然后比较病人与正常人中这些结构基因的区别,最后确定疾病相关基因。
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