与普通质谱的基本原理一样,生物质谱也是根据离子的质量/电荷比值(质荷比,m/z)来确定待测分子的分子量,只是其采用软电离技术,电离得到的是高电荷离子而不形成碎片离子,使离子的m/z降低到多数质量分析器都可以检测的范围。在蛋白质组研究质中最常用的是电喷雾电离(electrospray ionization,ESI)和基质辅助激光解吸电离(matrix‐assisted laser desorption ionization,MALDI)。MALDI所产生的质谱图多为单电荷的完整气相大分子离子,常用于分析较简单的肽段混合物,如二维凝胶电泳的单一蛋白质斑点,是目前最常用的胶上蛋白质鉴定技术。
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