染色体异常包括非整倍体(aneuploidy)和微小缺失(microdeletion),是各种临床综合征最常见的病因。研究发现,30%的染色体异常伴有心脏畸形,20%的CHD以并发其他出生缺陷的形式出现。应用染色体G带核型分析,可以检测出大部分染色体非整倍体异常:如50%的21-三体综合征患者并发间隔缺损,包括房间隔缺损、室间隔缺损和房室间隔缺损。80%的13-三体综合征并发内脏反位(heterotaxy)和心脏缺损。对某些引起心脏畸形的基因,如NKX2.5、TBX5、GATA-4、Pitx2、Irx4、 ......