一、蛋白质二级结构预测方法及软件

蛋白质二级结构是一级结构与三级结构之间的桥梁。所有蛋白质中约85%的氨基酸残基处于α螺旋、β折叠和转角等三种基本二级结构状态，并且各种二级结构非均匀地分布在蛋白质中。这5种方法包括Garnier-Gibrat-Robson（GGR）、Levin同源预测方法、DPM、PHD和CNRS的SOPMA方法。目前对结构域的识别方法主要包括根据蛋白质空间结构信息利用机器学习方法获取结构域信息的方法SSEP-Domain、通过对具有代表性三级结构的蛋白质建立隐马尔可夫模型方法、分析蛋白质序列构象熵值判定结构域边界的方法 ......