一、多序列比对具有广泛的应用

与双序列比对比较，多序列比对具有更广泛的重要应用，包括以下几个方面：1 ．获得共性序列。由多序列比对所得到的与所有序列距离最近的序列称为这些序列的共性序列（consensus sequence），共性序列这一特性使之常用于数据库搜索和芯片探针设计，用于识别具有高相似度的序列。多序列比对可施用于整个基因组，揭示基因组的结构特征和进化特征。随着越来越多基因组的测序，多序列比对已频繁地用于基因组结构分析中，最典型的应用是UCSC基因组浏览器和Ensembl基因组浏览器。 ......