第二节 系统发生分析与重建

由于DNA序列包括多种不同类型的区域，如蛋白质编码区、非编码区、外显子、内含子、侧翼区、重复DNA序列和插入序列等。因此DNA序列的进化演变比蛋白质序列的演变更复杂。二、三位的核苷酸替代样式也不尽相同。这里主要研究蛋白质编码区和RNA编码区，这些区域的进化相对简单，但通过它们来理解进化的一般规律极为重要。该模型假定任一位点的核苷酸替代都是以相同频率发生的，且每一位点的核苷酸每年以α概率演变为其他3种核苷酸中的一种。由于一个序列的氨基酸无替代概率为e ? rt，因而两个序列同源位点均无替代的概率是：式5-4 ......