肠沙门菌可再分为6个亚种,肠沙门菌亚种(S . entericasubspecies)、萨拉姆沙门菌亚种(S . salamae)、亚利桑那沙门菌亚种(S . arizonae3a)、双亚利桑那沙门菌亚种(S . diarizonae3b)、豪顿沙门菌亚种(S . houtenae)、英迪。肠道沙门菌各个亚种的细菌由于菌体抗原、鞭毛抗原和表面抗原的不同,可分成不同的血清型。目前肠沙门菌亚种的血清型已经命名,在临床上习惯用菌种名的方式加以报告,如伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、乙型副伤寒沙门菌、丙型副伤寒沙门 ......