线粒体主要由蛋白质、类脂和水组成。线粒体干重时,蛋白质类物质占60%~65%,类脂占35%~40%。类脂中,磷脂达90%,胆固醇约占5%,其余为游离脂肪酸及甘油三酯。磷脂等不仅起着支架连接作用,而且对维持酶的活性具有重要作用:当把磷脂提取后,酶的活性即消逝。其中琥珀脱氢酶(succinicdehyderogenase,SDH)是线粒体的标志酶。内室中可溶性酶包括三羧酸循环的全部酶(除某些脱氢酶外),丙酮酸(pyruvate)、丙酮酸脱氢酶、枸橼酸合成酶、异枸橼酸脱氢酶、顺乌头酸酶、延胡索酸酶、苹果酸脱氢酶 ......