2 )中的微生物包括细菌、古细菌、真菌、古细菌、病毒。相对大肠来说,食物在小肠中的滞留时间较短,加之小肠中含有胆盐以及潘氏细胞分泌的抗菌肽,使得微生物在其中的生存比较困难。由于人的胃部和小肠很难从外部直接进入,样品难以获得,因而对胃和小肠微生物群的研究远远少于对口腔、大肠或者粪便中的微生物群。为了利用分子手段对小肠微生物群进行更深入的研究, Booijink等人通过回肠造口术对患者的回肠内容物进行了研究。尽管每个患者的微生物群体是不相同的,但是它们存在一个共同的“核心微生物群” ,包括梭菌属、肠球菌、草酸 ......