二、蛋白质三级结构预测

三级结构的预测是蛋白质结构预测的核心和目标。目前，蛋白质三维结构预测的方法分为3类：同源模建法、折叠识别法和从头预测法。其中同源模建法和折叠识别法都是基于模板依赖模型，两者的差异在于模板序列的相似程度。对于序列相似性低于30%的蛋白质则通常使用折叠识别法，主要是通过序列与已知结构的序列的比对来采取进化信息，例如PSI-BLA和基于隐马尔可夫模型的方法。Jones等人还提出了Threading方法，其思路是：从蛋白质结构数据库中挑选蛋白质结构建立折叠子数据库，以折叠子数据库中的折叠结构作为模板，将目标序列与 ......