四、基于一致性的方法

渐进多序列比对的基本方法是先产生全部的配对比对，然后根据配对比对的计分高低逐渐构造多序列比对。基于一致性的方法采用了另一种利用序列信息的方式。这里，一致性指的是对于序列x、y和z，如果xi比对于zk且zk比对于yj，则xi应比对于yj。例如，根据xi和yj同时比对于zk而调整xi和yj的比对计分，如果序列x中的字符xi比对于序列y中的字符yj的似然率（likelihood）为：式3-9。在本章所讲的多序列比对中，大部分算法都只针对序列的一维内容而不考虑序列可形成的二维结构以及这种二维结构与序列保守性的关系 ......