1988年Edman发现肺孢子菌(Pneumocystis)的16s RNA核苷酸序列与酿酒酵母菌具有高度同源性。现代分类将其归入真菌界,子囊菌门(Ascomycota),肺孢子菌纲(Pneumocystidomycetes),肺孢子菌目(Pneumocystidales),肺孢子菌科(Pneumocystidaceae)。代表菌种为卡氏肺孢子菌(Pneumocystis carinii)或称卡氏肺囊虫。卡氏肺孢子菌常引起HIV病人或非HIV免疫受抑制病人的肺部感染,还可引起肺外感染,如肝、脾、眼、耳、乳 ......