沙眼衣原体是一种圆形或卵圆形的专性细胞内寄生的微生物,大小介于病毒与立克次体之间,直径约300~400nm,有细胞壁,需要在活细胞培养基上生长。始体为较大圆形颗粒,是原体进入细胞内的发育繁殖形式,分裂增殖为大量原体后释放,破坏宿主细胞,且再侵入新的细胞内。沙眼衣原体至少有15种血清型,已证实D~K型与尿道炎有关。沙眼衣原体的靶细胞是眼结膜、泌尿道的上皮细胞,女性子宫及生殖道黏膜的扁平柱状上皮细胞,男性的附睾和前列腺,新生儿的阴道上皮细胞,可引起男性的非淋球菌性尿道炎,淋球菌后尿道炎,女性的尿道炎,膀胱炎, ......