与基因组研究相比,蛋白质组研究所面临的对象要更为复杂。从结构特征上讲,组成蛋白质的氨基酸有20种,加上修饰的氨基酸就更多。从数量上讲,人类基因组只有2万余种编码蛋白质的基因,但是由于蛋白质翻译中或翻译后的修饰、剪切等原因,使得最终执行功能的蛋白质可达几十万种。从表达丰度上讲,并非所有的蛋白质都在同一细胞或组织类型中表达,蛋白质表达的拷贝数相差几十倍、上百倍,甚至更多。为此,需要对蛋白质组进行全面的定性和定量分析(图14-1)。经过多年的发展,目前已形成了比较完善的图像分析系统,如Melanie、PDQue ......