第三节 基于序列的病原体分型技术

以条带为基础的病原体检测分型技术在临床诊断研究和流行病学研究中得到了广泛的应用，但其不足之处也是显而易见的。脉冲场凝胶电泳分型能力强，一度是流行病学菌株分型的金标准，但脉冲场凝胶电泳操作程序复杂、耗时长、对设备和软件的要求高、成本高，使得不同实验室之间的结果可比性不足。其他基于条带的分型技术如RFLP、VNTR尤其是随机引物电泳，其成本低、速度快，但这些技术的分型能力有限。16S rRNA基因测序分型应用非常广泛，已应用于O139群霍乱弧菌、李斯特菌、肠球菌、鲍曼不动杆菌、脑膜炎奈瑟菌、普氏立克次体、土壤 ......