PB1和PB2为碱性蛋白,在p H6.5时带净电荷+ 28,PA呈酸性,在p H6.5时带净电荷- 13 ﹒ 5。它们的氨基酸序列都含有一个特异的亲核区,其作用是使这三种蛋白质在胞浆合成后顺利进入细胞核,因而在感染细胞的细胞核内都可以发现这三种蛋白成分。比较数个依赖RNA的RNA多聚酶或依赖RNA的DNA多聚酶的氨基酸序列可以发现,这些酶的结构中有4个高度同源的基序,而在流感病毒的3个RNA多聚酶蛋白中只有PB1蛋白含有这4个基序。其中位于第306位的天冬氨酸残基、第406位的甘氨酸残基、第445位的天冬 ......