四、短序列在参考基因组上定位和可变剪切的识别

软件TopHat不仅能够将短序列定位到参考基因组，还能够识别转录本序列剪切、插入和删除等信息，以下分六个步骤介绍TopHat软件的安装、应用以及结果的可视化。Linux_x86 _ 64添加到linux系统的环境变量PATH中（在文件～/ . bash_profile文件中添加export PATH = / tophat-2 . 0.0 .步骤4：执行命令定位Read。2 . fastq，其中，r 50表示双末端序列间距50个碱基.Tophat输出的主要结果包括reads在参考基因组上的匹配列表accep ......

——《生物信息学理论与医学实践》

书名：《生物信息学理论与医学实践》

栏目：生物信息学理论与医学实践 > 第六章新一代测序数据分析 CHAPTER 6 NEXT-GENERATION SEQUENCING DATA ANALYSIS > 第五节研究实例：基于新一代测序技术的癌症组学研究

作者：李霞

参编：张岩，陈秀杰，陈丽娜，王艳秋，刘磊

页码：275-279

版本：1

出版社：人民卫生出版社

出版时间：2013-01-01

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