致病真菌以子囊菌中最为多见,其次为有丝分裂孢子真菌,还有一部分属于担子菌和接合菌。下面分述位于真菌的几个主要门和有丝分裂孢子真菌中的常见致病真菌种类。子囊菌约占已知真菌的半数,而大约80%的致病真菌和条件致病菌属于子囊菌门(As comycota)。以下致病真菌的有性阶段均属于子囊菌。双相真菌中的球孢子菌、组织胞浆菌、皮炎芽生菌、粗球孢子菌、副球孢子菌。丝状菌如皮肤癣菌、青霉和曲霉有性期,卡氏肺孢子菌、曲霉(烟曲、黄曲、土曲等)、青霉(包括马内菲青霉)、帚霉、假性阿利什霉、粘束孢和部分暗色真菌(包括毛壳霉 ......