由于未确定型结肠炎是一个排除性诊断,因此,其鉴别诊断就显得非常重要。溃疡性结肠炎主要临床特点为腹泻、腹痛、黏液血便、发热,但在未确定型结肠炎中发热及肠外表现的发生率明显高于溃疡性结肠炎。在未确定型结肠炎中,全结肠炎的发生率较克罗恩病高,不存在铺路石样等克罗恩病的特征性表现。组织病理学检查对鉴别诊断最有价值,肠壁和肠系膜淋巴结内大而致密的、融合的干酪样肉芽肿和抗酸杆菌染色阳性是肠结核的特征。包括其他感染性肠病(肠道血吸虫病、沙门菌结肠炎、真菌性结肠炎、抗菌药物相关性肠炎等)、大肠癌、缺血性肠炎、放射性肠炎、 ......