分子进化分析,又称分子系统发育分析,用于研究生物体在分子水平的进化模式、方向以及各种机制对于基因和基因组的结构与功能的影响。在开始本节内容之前,有必要提出以下两点说明:①本节内容虽然提供了许多软件的具体操作步骤,但省略了对系统发育分析基本概念和术语的解释。这些概念对于读者正确理解进化分析方法乃至熟练运用分析软件至关重要。各类分析方法的模型与算法本身也在不断完善,所分析的种群数量的改变以及所使用的分子标记种类的增加等因素都会得出不同甚至矛盾的结果。3 .用发展的眼光对待进化分析结果:数据集的变化(包括样品的 ......